自从 Ubuntu 15.04 之后，就已经开始默认使用 systemd 了，你的配制方法是传统的 Upstart/Sysinitv，所以不起作用。应该使用 systemd 对应的 systemctl 命令。
- 启动：
systemctl start nginx - 查看状态：
systemctl status nginx - 设置为系统默认启动：
systemctl enable nginx.service
而且不知道你的 Nginx 是如何安装的，在 Ubuntu/Debian 中，如果是使用标准的 apt-get install nginx 的方式，这些都已经配置好了，默认情况下，就是开机自启动。